L'allevamento praticato nel quadro dell'agricoltura biologica deve disporre di un'area di pascolo. Il numero di capi per unità di superficie deve essere limitato in modo da ridurre al minimo ogni forma di inquinamento, in particolare del suolo e delle acque superficiali e sotterranee. Sono da preferire le razze rustiche, autoctone, caratterizzate da adattabilità ambientale, resistenza alle malattie, longevità e produttività globale, senza trascurare l'importanza di conservare la diversità del materiale genetico.
Gli animali devono essere alimentati con alimenti adeguati, di buona qualità, provenienti da coltivazioni biologiche, secondo le regole di un corretto razionamento. Tutti i prodotti utilizzati nell'alimentazione animale non devono essere ottenuti con l'impiego di organismi geneticamente modificati o da essi derivati.
La densità di bestiame nelle stalle deve assicurare il conforto e il benessere degli animali in funzione, in particolare, della specie, della razza e dell'età degli animali.

Gli animali devono avere accesso a pascoli o a spazi liberi all'aria aperta, che possono anche essere parzialmente coperti.
I principi per il buon mantenimento del bestiame proveniente da allevamenti biologici, devono venir applicati anche al loro trasporto e spostamento. Quando le operazioni di trasporto vengono eseguite con cura, sarà possibile ridurre al minimo i rischi connessi all'affaticamento, dolore, ferite, situazioni che comportano condizioni di stress per il bestiame.

La salute degli animali deve essere salvaguardata principalmente attraverso appropriate misure preventive, quali:

• scelta delle razze o delle linee e ceppi appropriati;
• applicazione di pratiche di allevamento adeguate alle esigenze di ciascuna specie e che favoriscano un'elevata resistenza alle malattie ed evitino le infezioni;
• uso di alimenti di alta qualità e accesso ai pascoli;
• adeguata densità degli animali, evitando così il sovraffollamento e qualsiasi problema sanitario che ne potrebbe derivare.

Le eventuali cure che si rendessero comunque necessarie devono essere preferibilmente di tipo naturale e solo in casi eccezionali ricorrere a medicinali allopatici di sintesi chimica.